之後高植澎退隱,並且在澎湖開設診所行醫,直到2001年重新於馬公市參與澎湖縣議員並當選,成為澎湖縣唯一的民進黨籍議員。2004年高植澎接受民進黨徵召,參選澎湖縣立法委員,但是敗於無黨團結聯盟的林炳坤。
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